Le Bureau des affaires ecclésiastiques est l’interlocuteur cantonal pour les questions relatives aux Eglises relevant de la compétence du canton. Il soutient les paroisses et les ecclésiastiques dans le domaine de l’engagement des membres du corps pastoral et traite des questions de principe touchant aux relations entre les Eglises et l’Etat. Il sert d’organe de liaison entre les Eglises nationales et les services cantonaux.

Il lui incombe en outre d'assurer la préparation de la législation dans son domaine de compétence.